Universiteti i Gjirokastres aktualisht eshte i organizuar ne tre fakultete:
- Fakulteti i Edukimit dhe Shkencave Shoqerore
- Fakulteti i Shkencave te Natyres
- Fakulteti Ekonomik
Fakulteti i Edukimit dhe Shkencave Shoqerore (F.E.Sh.Sh.)
- Departamenti Histori – Gjeografi
- Departamenti i Shkencave te Edukimit dhe Metodologjise se Mesimdhenies
- Departamenti i Gjuheve te Huaja
- Departamenti i Gjuhes Shqipe
- Departamenti i Letersise Shqipe
- Departamenti i Gjuhes, Letersise dhe Qyteterimit Grek
Fakulteti Ekonomik
- Departamenti Administrim Publik
- Departamenti Kontabilitet Finance
- Departamenti Politikave Ekonomike dhe Turizmit
Fakulteti i Shkencave te Natyres (F.SH.N)
- Departamenti i Matematike Informatikes dhe Fizikes
- Departamenti i Biologji-Kimise
- Departamenti i Infermierise